Restabelecida a independência em Portugal, Dom João IV, em 12 de Dezembro de 1640, iria patrocinar a construção de um novo mosteiro para acolher as religiosas Clarissas, fiéis depositárias dos despojos sagrados da Rainha Santa Isabel. Com este compromisso político-devocional procurava enaltecer a casa da sua veneranda antepassada, responsável pela reedificação do Mosteiro de Santa Clara-a-Velha, em 1314, e afirmar o prestígio e o poder da nova dinastia dos Bragança.

Encarregou por isso o Reitor da Universidade, Dom Manuel de Saldanha, de lançar a primeira pedra do novo Convento de Santa Clara no Monte de Nossa Senhora da Esperança, acontecimento que viria a ocorrer em 3 de Julho de 1649. Com o agravamento das condições de habitabilidade no mosteiro primitivo, a 29 de Outubro de 1677, a nova construção, inacabada, recebia as religiosas e as relíquias de Santa Isabel, transportadas em solene procissão por alguns prelados portugueses.

O ano de 1696 assinala duas importantes datas: a 26 de Junho, realizou-se a sagração da igreja, dedicada a Santa Isabel de Portugal, e, a 3 de Julho, procedeu-se à trasladação do cadáver, incorrupto, da Rainha Santa, para a tribuna do altar-mor. Contudo, as obras só seriam finalizadas nos finais do século XVIII, com a conclusão do claustro, da portaria e do aqueduto.

Continuando as obras ao longo de Setecentos, o século XIX revelar-se-ia como um período negro para as Clarissas, primeiro com a ameaça das tropas napoleónicas, instaladas no mosteiro, depois com o nefasto decreto de Maio de 1834, que suprimia em Portugal as Ordens Religiosas.

Com a morte da última freira, em 1886, o complexo monástico foi entregue à Confraria da Rainha Santa Isabel, responsável pela continuidade do culto da sua padroeira, e à Congregação de São José de Cluny, para a instituição de um colégio missionário.

No ano em que a igreja, o claustro e o túmulo de prata da Rainha Santa eram classificados como Monumento Nacional, em 1910, foi proclamada a República, que instalaria nas restantes dependências alguns serviços afectos ao Ministério da Guerra.

Considerada como uma das casas religiosas mais prestigiada do país, a comunidade de Clarissas, de Coimbra, foi reunindo ao longo dos séculos um importante espólio artístico que testemunha a profunda devoção dos nobres e dos pobres pela Rainha Santa Isabel.

Contrastando com a austeridade e sobriedade das áreas monásticas reservadas às freiras, traçadas por Frei João Turriano, irrompe a exuberância decorativa expressa na igreja, ponto de ligação entre a hospedaria, a Sul, e a portaria e os dormitórios, a Norte.

A fachada principal da igreja distingue, através da utilização de pilastras adossadas, as áreas cultuais públicas das privadas, cujo acesso é feito a partir de um portal enobrecido pelo brasão de armas de Portugal, sustentado por dois anjos custódios.

A igreja, traçada inicialmente por Frei João Turriano e depois por Mateus do Couto, apresenta um plano longitudinal, de nave única, e dotada de uma capela-mor elevada em relação ao piso, ambas cobertas por abóbada de caixotões.

Revelando a continuidade dos modelos nacionais o interior da igreja foi ornamentada por múltiplas estruturas de talha dourada e policromada, onde se destacam os catorze retábulos, esboçados por Mateus de Couto nos finais do século XVII. Todavia, a obra de maior valor artístico existente é o túmulo-relicário, onde, em 1677, foram colocadas as relíquias da Rainha Santa Isabel. Patrocinado pelo Bispo de Coimbra, Dom Afonso Castelo Branco, o sarcófago foi executado

pelos ourives lisboetas Domingos e Miguel Vieira, de acordo os modelos da arquitectura maneirista.

No campo da pintura, destaca-se o interessante conjunto da capela-mor, composto por várias telas, setecentistas, atribuídas ao

pintor italiano Vincenzo Bacherelli, onde ganham maior significado alguns episódios da vida da Rainha Santa, de São Francisco e de Santa Clara, aos quais subjazem as representações dos quatro Evangelistas.

Dependência anteriormente reservada à comunidade enclausurada, o coro baixo guarda hoje, além de algumas relíquias, o primitivo túmulo da Rainha Santa realizado por Mestre Pêro, entre 1327 e 1330. Executado num volumoso bloco de calcário, o sarcófago apresenta um riquíssimo programa iconográfico, destacando-se a estátua jacente da Santa Rainha, de hábito de religiosa, ostentando atributos que realçam a sua dimensão de peregrina e a ligação às Casas Reais de Portugal e de Aragão.

No coro alto encontra-se um raro cadeiral, muitas alfaias litúrgicas e cultuais, entre as quais o bordão, incrustado num receptáculo de prata, oferecido pelo Arcebispo de Santiago de Compostela à Santa Isabel aquando da sua última peregrinação.

A poente da igreja ergue-se um dos maiores claustros do país, de plano quadrangular com duplo piso, que melhor reflecte a longa campanha de obras efectuada no monumento. Com ligação às principais dependências conventuais, o claustro revela uma organização espacial que reflecte as disposições da arquitectura maneirista, enquanto as formas compositivas deixam perceber a influência dos modelos barrocos, segundo a linguagem dos vários arquitectos envolvidos: Manuel do Couto, Custódio Vieira e Carlos Mardel.